[Gorinich]

Ильюха_,У Вас накрылся медным тазом рабочий ключ, Причем обе его схемы отвечающие и за ИМО и за сигнализацию (это 2 разные схемы - одна без батарейки разрешает запуск программы управления двигателя в ЭБУ, а другая питаясь от батарейки открывает двери и снимает/ставит на сигнализацию).
Когда Вам поставили новый ЭБУ - его естественно никто не обучал (кстати кто хочет отключить ИМО, но хочет сохранить плавное гашение салонного света и дистанционное управление дверьми так и поступают - ставят новый ЭБУ или очищают в нем память). Поэтому у Вас машину можно завести просто болванкой - проверяется просто - из Вашего рабочего ключа вытащите "жало" ключа и им заведите машину. Машина должна завестись, что говорит о том, что противоугонная функция ИМО путем установки нового не обученного ЭБУ отключена.
Вообщем - покупайте новый ключ (все остальное у Вас похоже работает), переобучайте ключи и снова у Вас будет работать как положено и ИМО и сигналка.