Собственно, все что надо проверить - на схеме. Лучший вариант - во время неисправности подобраться к дополнительному реле стартера и замерить напряжения на контактах. Но при такой плавающей неисправности, да еще водитель другой человек, я бы подвесил разноцветные светодиоды на все контакты дополнительного реле, вывел бы их наружу и просил бы тщательно записать их состояния при проблемах. Далее уже можно изолировать неисправность по участкам и проверять с пристрастием именно проблемную часть.
Но коль проблема такая "интеллектуальная", то сдается мне, что это контроллер хамит через контакт 50 или 14 (главное реле).
