Не думаю, что разработчики ЭБУ задумывали неплотное соединение корпуса в качестве отверстий для вентиляции.
Если бы вопрос теплообмена и конденсации внутри блока был настолько принципиален, то наделали бы дырок посерьёзнее 
В качестве компромиса (если есть сомнения герметезировать или нет; при этом оставлять в штатном месте или нет ) можно предложить ,например, такой вариант. Блок оставить в штатной нише в перевёрнутом виде, при этом загерметезировать только стык разъёма с корпусом. И можно только сверху, чтоб туда не затекло ненароком.
И ещё! Где же можно найти принципиальную схему ЭБУ?
Хочу всё-таки распиновку поменять.