Обдумывая причины залития ЭБУ, сначала думал что вода попала забрызгиванием при проезде луж из подкапотного пространства, но, похоже, заливание ЭБУ происходит через отверстие рядом с дренажным

,
По нему влага стекает на шумоизоляцию под капотом вокруг входного отверстия для провода ЭБУ.

Если дождь не сильный, то она просто впитывается, но когда идут постоянные дожди, то влага не успевает впитываться и стекает к входному отверстию для провода ЭБУ, а дальше "вода дырочку найдет".
Остается непонятным назначение отверстия рядом с дренажным
Решил заделать его автопластилином, без снятия накладки у стекла

получился такой результат, но вода может проникать и более труднодоступных местах буду наблюдать.
Кстати, автопластилин может оказаться полезен для устранения многих других проблем ВАЗа, например герметизации запотевающих фар. Цена 70руб.