Бухтение коробки пропадающие при выжатом сцеплении-пожизненная болезнь переднеприводных коробок ВАЗ, за исключением 08. Бухтят подшипники, шестерни на вторичном валу (подшипники трения). Это не излечимо, и тем странно, что мастера берутся исправить, вместо того чтобы объяснить. Наиболее сильно проявляется на синтетическом масле (более жидкое). Шум можно уменьшить (практически до нуля) залив более густое масло, если это устроит по климату. Так сделано у меня. Бухтение пропало. Но сие не есть обязательным для всех. У кого то может и не помочь. И не перебирайте сцепления, не меняйти выжимные-дело в коробке. Но с этим бухтением коробка может пережить само авто. Попытка теоретически обосновать описана тут.
http://www.lkforum.ru/showthread.php?t=10952