Нужны всё таки логи.
Тяжело понять что там не так.
Но прежде наверное измерить физические параметры РВ.
Т.к. валы всё таки кто то точит, есть вероятно отклонения от заявленных производителем цифр для этих валов. И угол перекрытия (когда и впуск и выпуск открыты), обычно ХХ колбасит при большом перекрытии.
ИМХО были бы фазы околостоковые от одного подъёма клапана так бы не ушёл ХХ.
На ХХ и с обычным РВ наполняемость ограничена не подъёмом клапана, а дросселем, там только от большого перекрытия может так быть или от смещения фаз.
Либо грубый промах с меткой ГРМ по каким то причинам. Как вариант после каждой регулировки надо инициализацию ЭБУ делать.