Можно, если осторожно. Если так делать постоянно - советую ключ обмотать изолентой, чтобы исключить случайное замыкание на массу.
Если авто гарантийное - в чем проблема? Пусть меряют плотность, токи утечки. Если батарея дохлая - в холода снятие клеммы не сильно поможет. А людям удавалось батарею по гарантии поменять (кто-то писал недавно). А если магнитола утягивает ток - даже с отключениями клеммы, срок жизни батареи сократится. Отключения клеммы - не лучший выход.
Древовидный вид