Сподобился таки поменять ГП 3,7 на 3,9. При этом совершил две ошибки - не изучил вопрос предварительно, ограничившись советами торговца на рынке, и отсутствовал при переборке на СТО.
В результате был приобретена пара от 8-ки, комплект муфт синхронизаторов, сами синхронизаторы, игольчатые подшипники и по паре втулок и шестерёнок. Потом уже понял, что теоретически можно было купить только пару шестерёнок самой ГП и не менять вторичный вал.
Как и планировалось, при переборке были заменены все подшипники, кроме подшипников дифференциала, ну и мне была предъявлена куча железяк, включая первичный вал, которые якобы были заменены. Хотя какие из них мои, какие остались от других клиентов - известно только мастерам

Ну и, собственно, результаты.
1. Шумы при работающем двигателе на нейтрали ушли полностью (полагаю, замена подшипников).
2. Оказывается, на ходу по уровню шума у меня была "идеальная" коробка

Во всяком случае, после 80-ти я слышал только ветер. Теперь тоже приемлемо, но какая-то "муха жужжит". Приёмник на минимальной громкости её забивает. Но вот только теперь я узнал, как может звучать коробка при торможении двигателем

(думаю, это качество запчастей)
3. Для себя ответил ещё на один вопрос - "дизельный" звук при интенсивных разгонах на низших передачах. Это именно КПП - теперь он стал громче и "длиннее". Но если трогаться плавно и не нагружать двигатель - то всё в норме.
4. И собственно, о паре 3,9. Полагаю, что именно для этой пары и разрабатывался двигатель 1,4. Машина стала ощутимо динамичнее, при езде в городе (без пробок) практически нет переключений с 4-й на 3-ю. А там, где скорость больше 80-ти - очень рабочей стала 5-я. Заменой пары очень доволен.