Шум в коробке - это явление нормальное. Вы что никогда не ездили на 9 и 10. Когда у меня была первая 9-ка, году в 95, я из за этого шума переполошил весь сервис. Поменяли пол-коробки, провозились целый день. И что? Шум как был так и остался. Так, что это конструктивно. Хотя на последней 10-ке у меня этого шума практически не было.
Кстати жалобы на "дизельную" работу двигателя связаны в том числе и с шумом КПП. Попросите кого нибудь выжать сцепления на Холостом ходу и снаружи послушайте, особенно хорошо слышно ночью, когда кругом потише, услышите что шум пропал, да и машина вроде потише работает. За двадцать лет ВАЗ так и не научился делать КПП.
Древовидный вид