В чем дело? Может разные прошивки или дело в чем то др?
Да много зависит от типа ЭБУ и ПО в нем .Калины первых выпусков(и после 2007_года) имели ЭБУ БОШ797+,с ними проблем особых не было .примерно с начала 2007 года по 2008_й стали устанавливать ЭБУ Январь 7.2 .Вот на данных ЭБУ была замечена именно такая дерготня при езде на первой и второй передаче .Проблема решалась заменой модифицированного(коммерческого) ПО.
Если точно знаешь тип ЭБУ и ПО которое стойт в нём ,то подскажу что делать дальше!
Древовидный вид