Mbr,
Склоняюсь больше к версии о выжимном, есть у некоторых подшипников такое свойство при нагреве начинать шуметь... Не знаю насчет кривоватости сцепления, если оно беззазорное (не разбираюсь в таком), но больше похоже на него и его подшипник, раз уж при нажатии на педаль меняет тональнось... Версия о несоосности валов при неграмотной установке КПП не подходит (хотя все может быть), нагрев сопряжения КПП и двигателя должен быть, т.к. двс горячий...
На двух машинах в поле моего зрения, КПП стучала отчетливым Тук_Тук_Тук, при нажатии на педаль сцепления звук исчезал. Это 21099 98г.в., причем тогда мастера обещали перед продажей устранить этот стук, но сказали что это ненадолго, надо перебирать... вторая машина - Калина соседа. Продана с этим звуком.