Если это дистиллированная вода, то от того количества её несливаемого объёма, которое останется в СОД после промывки, ничего плохого не будет. Я так думаю. Антифриз ведь и так является смесью этиленгликоля и воды.
Кстати, важно не забыть отцепить патрубки от радиатора печки, чтобы слить и оттуда.