Коробка, имхо, такая :(
У знакомого такая же фигня.
У самого вторая после первой не всегда с первого раза :(
На форуме, где про КПП, почитай. Многие лечат заменой на хорошее синт масло.
У меня тоже в начале было - первая через раз включалась, и вторая иногда. задняя через раз со "скрежетом". Обратился на сервис, на что гарантийщик (кстати знакомый) ответил: "У меня такая-же фигня на приоре. Ты покатайся подольше, там синхроны "притрутся"". Покатался я до первого ТО, действительно, первая и вторая стали лучше включаться, а вот задняя все также. На первом ТО залил в коробку Кастрол синтетику, передачи заметно стали мягче включаться, а вот задняя пореже, но все-равно нет-нет, да похрустывает.