В мурзилке пишут, что вредно для упорных подшипников коленвала: двигатель остановлен, подшипники не смазываются, а нагрузка на них при выжиме сцепленния приличная. Поэтому рекомендуют выжимать сцепление при пуске только при необходимости.
А на практике народ выжимает постоянно и ничего с двигателем не случается.