Всё зависит каким загрузчиком будешь это делать !
Даже если это простенький ЕЦУФлешер ,то там вроде есть действия как с флешь ,так и отдельно с Еепром(но могу и ошибаться ,у меня проф.загрузчики ,там статусы можно выставлять отдельно ,читать \писать \стирать любую область если это позволяет сам ЭБУ сделать ! )
В ЕцуФлешере можно переписать Флешь ,и если в ЕЕпроме был статус ИММо активным ,данная программа его не затронет !(на счет стереть ,там вроде нет такой возможности ,но есть вариант убить еепром загрузив софт CI07 сперва ,а потом вернуться на СЕ .)