Теперь под итог:
1. Инвертирующее реле ставлю сразу после фишки (которая штатно подключается к вентилятору), и этого реле беру минус и подключаю к соответствующему разъему на Борее, при этом инвертирующее реле будет срабатывать во всех ситуациях которые предусмотрены штатной системой;
2. "-" беру с 69 клеммы ЭБУ (включение эл. маг. муфты кондиционера) и подаю на соответствующий провод Борея;