Нет понятия "снять с гарантии". Если причиной выхода из строя ДВС послужило установленное ГБО, тогда, естественно, в гарантийном ремонте откажут.
Я газ не ставил, тоже боялся за гарантию. В итоге двиг чинил за свой счет после окончания гарантии. Если бы поставил газ на новую тачку, к моменту ремонта уже бы не то что на ремонт, на новый двиг сэкономил.