На подшипнике первичного вала не может быть зазора. Иначе КПП с таким дефектом не откатывали бы положенный ресурс, а разваливались бы через пару тыс. км. Чрезмерный зазор приводит к выходу из строя любого механизма.
А я мыслю что стук идет от первичного вала. Если выжимной, то при легком выжиме сцепления было бы беение педали...
А так наши предки с такими механизмами войну выиграли...