Минус - это большее количество переключений и, очевидно, больший износ механизмов переключения.
Минус в том, что их не все настраивать умеют - вот и мечется у некоторых автомат туда сюда.
4-х ступки на бюджетках потому что дешевле и сама коробка да и настроена она уже давно было - не надо сильно на доводку тратиться.